定点医療機関からの報告をもとに、定点以外を含む全国の医療機関をこの1週間に受診した患者数を推計すると約7万人（95%信頼区間：7〜8万人）となり、前週の推計値（約5万人）よりも増加した。年齢別では、0〜4歳、5〜9歳、10〜14歳、20代、30代、40代、50代、70歳以上がそれぞれ約1万人となっている。また、2016年第36週以降これまでの累積の推計受診者数は約26万人となった。
　2016年第46週の定点当たり報告数は1.38（患者報告数6,843）となり、2016/2017年シーズンで初めて全国的な流行開始の指標である1.00を上回った。
　都道府県別では沖縄県（8.12）、栃木県（5.50）、福井県（3.50）、北海道（2.92）、岩手県（2.60）、石川県（2.29）、群馬県（2.09）、富山県（1.96）、奈良県（1.76）、福島県（1.73）、埼玉県（1.70）、宮城県（1.61）、東京都（1.57）、愛知県（1.39）、山梨県（1.34）、香川県（1.34）、愛媛県（1.34）、茨城県（1.33）、神奈川県（1.31）、千葉県（1.21）、山口県（1.16）、長野県（1.14）、滋賀県（1.13）、広島県（1.09）、福岡県（1.08）、秋田県（1.07）、新潟県（1.02）、岐阜県（1.01）の順となっている。全47都道府県で前週の報告数よりも増加がみられた。
　全国で警報レベルを超えている保健所地域はなかったが、注意報レベルを超えている保健所地域は3箇所（北海道1箇所、沖縄県2箇所）であった。
　基幹定点からのインフルエンザ患者の入院報告数は95例であり、第45週（53例）から増加した。35都道府県から報告があり、年齢別では0歳（2例）、1〜9歳（21例）、10代（3例）、20代（2例）、30代（1例）、40代（3例）、50代（4例）、60代（8例）、70代（12例）、80歳以上（39例）であった。
　国内のインフルエンザウイルスの検出状況をみると、直近の5週間（2016年第42週〜2016年第46週）ではAH3亜型の検出割合が多く、次いでAH1pdm09、B型がほぼ同程度に少数みられた。
　なお、2016年第46週のインフルエンザ流行レベルマップの詳細は、国立感染症研究所ホームページ（http://www.nih.go.jp/niid/ja/flu-map.html）を参照されたい。