2016年第13週の定点当たり報告数は11.20（患者報告数55,341人）となり、前週の定点当たり報告数13.81よりも減少した。都道府県別では福井県（23.34）、新潟県（23.20）、高知県（20.33）、愛媛県（19.84）、鹿児島県（17.97）、青森県（17.28）、沖縄県（16.10）、石川県（15.96）、岩手県（15.63）、長野県（15.43）、宮城県（15.16）の順となっており、4県で前週の報告数よりも増加がみられ、43都道府県で前週の報告数よりも減少がみられた。
　全国の保健所地域で警報レベルを超えているのは245箇所（44都道府県）であり、注意報レベルを超えている保健所地域は42箇所（22道府県）であった。
なお第13週は、鳥取県においては集計後にデータ修正操作が行われたことにより、その後の地図作製にデータが反映されていない。
　定点医療機関からの報告をもとに、定点以外を含む全国の医療機関をこの1週間に受診した患者数を推計すると約62万人（95%信頼区間：56〜67万人）となり、前週の推計値（約72万人）よりも減少した。年齢別では、5〜9歳が約11万人、40代が約9万人、0〜4歳、30代がそれぞれ約7万人、10〜14歳、50代がそれぞれ約6万人、20代が約5万人、60代、70歳以上がそれぞれ約4万人、15〜19歳が約3万人の順となっている。また、2015年第36週以降これまでの累積の推計受診者数は約1,502万人となった。
　基幹定点からのインフルエンザ患者の入院報告数は482例であり、前週（552例）から減少した。46都道府県から報告があり、年齢別では0歳（20例）、1〜9歳（124例）、10代（30例）、20代（8例）、30代（14例）、40代（14例）、50代（24例）、60代（38例）、70代（77例）、80歳以上（133例）であった。
　国内のインフルエンザウイルスの検出状況をみると、2015年第36週以降これまでの国内のインフルエンザウイルスの検出状況をみると、AH1pdm09の割合が最も多く、次いでB型、AH3亜型の順で検出されている一方で、直近の5週間（2016年第9週〜2016年第13週）ではB型の検出割合が最も多くなっている。
　詳細は国立感染症研究所ホームページ（http://www.nih.go.jp/niid/ja/flu-map.html）を参照されたい。