2009年第46週のインフルエンザの定点当たり報告数は35.15（患者報告数169,095）となり、前週の値（定点当たり報告数32.76）よりもやや増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約164万人となり、インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降これまでの累積の推計患者数は約902万人（95%信頼区間：886.06万人〜917.94万人）である。
　都道府県別では愛知県（58.70）、大分県（53.64）、石川県（49.77）、山口県（48.68）、新潟県（46.98）、福岡県（46.51）、秋田県（46.44）、滋賀県（46.33）、佐賀県（44.33）、香川県（41.49）の順となっている。定点当たり報告数は、鳥取県を除く46都道府県で20.00を上回り、前週よりも多い36府県で30.00を上回ったが、13の都道府県では前週の報告数よりも減少がみられている。
　警報レベルを超えている保健所地域は364箇所（46都道府県）となり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は156箇所（42都道府県）となった。
　なお第46週は、東京都においては集計後にデータ修正操作が行われたことにより、その後の地図作成にデータが反映されていない。
　第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。