2009年第44週のインフルエンザの定点当たり報告数は33.28（患者報告数159,651）となり、前週の値（定点当たり報告数24.62）よりも大きく増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約154万人となり、第28週以降これまでの累積の推計患者数は585万人（95%信頼区間：570.79万人〜599.21万人）である。第44週は、北海道を除くすべての都府県で定点当たり報告数の増加が認められ、都道府県別では愛知県（54.44）、秋田県（53.55）、北海道（49.08）、三重県（46.14）、福岡県（45.64）、宮城県（44.82）、滋賀県（44.42）、兵庫県（42.43）、埼玉県（39.39）、新潟県（39.25）、神奈川県（38.39）、青森県（37.46）、大分県（36.33）、香川県（34.79）、大阪府（34.77）の順となっている。定点当たり報告数は、全ての都道府県で10.00を上回り、21都道府県で30.00以上となっており、全国規模での流行は前週よりもさらに本格化している。
　警報レベルを超えている保健所地域は260箇所（42都道府県）とさらに増加し、注意報レベルのみを超えている保健所地域は229箇所（46都府県）となった。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。