2009年第42週のインフルエンザの定点当たり報告数は17.65（患者報告数84,976）となり、前週の値（定点当たり報告数12.92）よりも増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約83万人となり、第28週以降これまでの累積の推計患者数は317万人（95%信頼区間：305.60万人〜328.40万人）である。第42週は、鳥取県を除く46都道府県で定点当たり報告数の増加が認められ、都道府県別では北海道（57.93）、愛知県（31.78）、福岡県（29.08）、神奈川県（25.19）、大阪府（23.25）、埼玉県（22.97）、東京都（22.20）、兵庫県（22.09）、沖縄県（22.05）、秋田県（19.29）の順となっている。北海道では既に2009年の冬季の流行のピークを大きく上回っており、首都圏、愛知県、大阪府、兵庫県、福岡県等の大都市圏や秋田県、沖縄県においても本格的な流行となってきている。
　警報レベルを超えている保健所地域は82箇所（北海道23、秋田県1、埼玉県4、東京都5、神奈川県15、愛知県13、三重県1、京都府1、大阪府7、兵庫県2、福岡県8、沖縄県2）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は217箇所（38都道府県）と共に増加した。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。