2009年第40週のインフルエンザの定点当たり報告数は6.40（患者報告数30,765）となり、前週の値（定点当たり報告数4.25）よりも大きく増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約33万人となった。都道府県別では北海道（16.99）、福岡県（13.41）、沖縄県（10.47）、愛知県（10.39）、東京都（9.60）、兵庫県（8.94）、大阪府（8.54）、埼玉県（8.10）、神奈川県（8.05）、千葉県（7.66）の順となっている。沖縄県の定点当たり報告数は減少が続いているが、北海道、首都圏、愛知県、大阪府、兵庫県、福岡県等の大都市圏からの報告が目立っており、特に北海道、神奈川県、愛知県、兵庫県、福岡県等で大きく増加している。
　警報レベルを超えている保健所地域は7箇所（北海道1、愛知県1、大阪府2、福岡県1、沖縄県2）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は89箇所（北海道16、東京都11、愛知県11、大阪府7、兵庫県7、福岡県8を含む18都道府県）と共に増加した。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。