インフルエンザの定点当たり報告数は2009年第28週以降増加が続いたが、第39週は4.25（患者報告数20,365）と前週の値（定点当たり報告数4.95）よりも減少した。しかしこれは、患者発生数の減少というよりも、第39週の前半が大型連休と重なり、多くの定点医療機関が休診していた影響によるものと推測される。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約24万人となった。都道府県別では沖縄県（12.12）、大阪府（8.82）、福岡県（8.79）、滋賀県（8.67）、愛知県（6.83）、東京都（6.68）、埼玉県（6.29）、北海道（6.18）、兵庫県（5.19）、千葉県（5.14）の順となっている。沖縄県の減少傾向には歯止めがかかってきており、また北海道、首都圏、愛知県、大阪府、兵庫県、福岡県等の大都市圏を中心とした患者の報告が依然として目立っている。
　警報レベルを超えている保健所地域は6箇所（大阪府2、福岡県1、沖縄県3）と増加し、注意報レベルのみを超えている保健所地域は37箇所（東京都5、愛知県7、大阪府5を含む15都道府県）と減少した。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。