2009年第31週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.56（報告数2,655）となり、第28週以降増加が続いている。都道府県別では沖縄県（11.79）、大阪府（1.68）、東京都（0.97）、滋賀県（0.96）、奈良県（0.95）、長崎県（0.79）、千葉県（0.57）石川県（0.50）の順となっている。
　警報レベルを超えている保健所地域は0であるが、注意報レベルのみを超えている保健所地域は4箇所（沖縄県3、大阪府1）となった。また、19都府県の71保健所地域で定点あたり報告数が1.00を超えており、インフルエンザの流行地域およびそのレベルは共に増大している。
　日本で新型インフルエンザウイルスAH1pdmが検出された2009年第19週以降31週までに、AH1（Aソ連）型48件、AH3（A香港）型733件、B型92件、新型A/H1N1pdm2,753件のインフルエンザウイルスの検出が報告されており、新型A/H1N1pdmは全体の約75.9％を占めている。
AH1pdmの大半は、これまでは新型インフルエンザA/H1N1の全数報告の一環として、診断のために地方衛生研究所でRT-PCR検査が実施されてきた結果が反映されたものであり、従来の季節性インフルエンザと新型インフルエンザの患者発生の割合を正確に示しているものではないが、現在流行しているインフルエンザの多くが新型インフルエンザであると推測できる。