2009年第30週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.28（報告数1312）となり、3週連続で増加した。都道府県別では沖縄県6.00、大阪府0.74、滋賀県0.58、東京都、石川県各0.29、茨城県、千葉県、愛知県、兵庫県、広島県各0.28の順となっている。
　警報レベルを超えている保健所地域、注意報レベルのみを超えている保健所地域は、ともに0箇所となった。しかし、9府県（千葉県、福井県、長野県、滋賀県、京都府、大阪府、広島県、福岡県、沖縄県）の21保健所地域で定点あたり報告数が1.00を超えており、まだ低いレベルではあるが、新型インフルエンザの影響によると思われる流行が続いている。
　2008年第36週〜2009年第30週までに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,568件、AH3（A香港）型2,438件、B型2,010件が報告されている。なお、新型A/H1N1pdmは2,178件の報告があり、これは全体の約21.4％にあたるが、その大半は季節性インフルエンザの病原体サーベイランスとしてランダムにサンプリングされたものではなく、新型インフルエンザの診断のため検査されたものである。