2009年第29週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.22（報告数1042）となり、2週連続で増加した。都道府県別では沖縄県（5.83）、滋賀県（0.60）、大阪府（0.43）、茨城県（0.39）、福井県（0.38）、岐阜県（0.30）の順となっている。
　警報レベルを超えている保健所地域は0箇所であり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は、第24週以降1箇所（沖縄県）となっている。
　2008年第36週〜2009年第29週までに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,556件、AH3（A香港）型2,397件、B型2,007件が報告されている。なお、新型A/H1N1pdmは1,515件の報告があり、これは全体の約16.0％にあたるが、その大半は季節性インフルエンザの病原体サーベイランスとしてランダムにサンプリングされたものではなく、新型インフルエンザの診断のため検査されたものである。