2009年第28週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.21（報告数972）となり、第27週（定点当たり報告数0.16）よりも増加した。都道府県別では沖縄県（7.69）、三重県（0.72）、高知県（0.33）、滋賀県（0.31）、岐阜県（0.30）、大阪府（0.28）の順となっている。
　警報レベルを超えている保健所地域は0箇所であり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は、第24週以降1箇所（沖縄県）となっている。
　2008年第36週〜2009年第28週までに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,543件、AH3（A香港）型2,360件、B型1,996件が報告されている。なお、新型A/H1N1pdmは1,015件の報告があり、これは全体の約11.4％にあたるが、その大半は季節性インフルエンザの病原体サーベイランスとしてランダムにサンプリングされたものではなく、新型インフルエンザの診断のため検査されたものである。