2009年第23週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.41（報告数1,916）となり、2週連続で減少した。都道府県別では沖縄県（8.34）、鹿児島県（1.48）、北海道（1.42）、秋田県（1.07）、熊本県（0.60）、長崎県（0.59）の順となっている。警報レベルを超えている保健所地域は0箇所であり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は3箇所（北海道、鹿児島県、沖縄県各1箇所）と減少した。
　2008年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,511件、AH3（A香港）型2,019件、B型1,770件が報告されている。なお、新型A/H1N1vは140件の報告があり、これは全体の約2％にあたるが、季節性インフルエンザの病原体サーベイランスとしてランダムにサンプリングされたものではなく、新型インフルエンザの診断のため検査されたものであり、このウイルスが季節性インフルエンザ全体の中に潜行していることを示すものではない。また、全体の検出数も新型インフルエンザの鑑別診断のために提出されたものが含まれており、全体の数を押し上げる結果となっている。しかしながら、新型A/H1N1vのくすぶり流行を考慮する上では、病原体サーベイランスとして新型のA/H1N1vをモニターしていくことは必要不可欠である。