2009年第3週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は20.84（患者発生報告数99,637）と前週の定点当たり報告数11.94を大幅に上回った。都道府県別では沖縄県（65.3）、宮崎県（36.3）、岡山県（31.8）、愛媛県（27.9）、大分県（27.9）、滋賀県（26.7）、長崎県（26.1）、奈良県（25.7）、広島県（25.7）、愛知県（25.2）の順となっている。警報レベルを超えている保健所地域は83箇所（29道府県）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は386箇所（47都道府県）と共に前週より大きく増加した。
　第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型459件、AH3（A香港）型421件、B型151件が報告されている。