2009年第2週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は11.94（患者発生報告数56,592）と前週の報告数（定点当たり報告数5.36）よりも大きく増加した。都道府県別では沖縄県（27.9）、岡山県（20.7）、福島県（15.9）、兵庫県（15.1）、山形県（14.5）、大分県（14.0）、北海道（14.0）、宮城県（13.7）、愛知県（13.4）、広島県（13.4）の順となっている。警報レベルを超えている保健所地域は21箇所（北海道10、大阪府3、兵庫県3、岡山県3、福岡県1、沖縄県1）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は256箇所（43都道府県）と共に増加した。
第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型296件、AH3（A香港）型324件、B型128件が報告されている。