今シーズンにおけるインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2008年第41週以降増加が続いていたが、第49週の定点あたり報告数は1.62（患者発生報告数7,707）となり、全国的な流行開始の指標である1.0を上回った。都道府県別では山梨県（4.2）、山口県（4.1）、福井県（3.9）、兵庫県（3.8）、北海道（3.2）、大阪府（3.0）、島根県（3.0）、宮城県（2.6）、栃木県（2.5）、和歌山県（2.5）の順となっている。注意報レベルのみを超えている保健所地域は11箇所（北海道2、宮城県1、栃木県1、千葉県1、福井県1、愛知県1、京都府1、大阪府1、兵庫県1、岡山県1）であり、前週と比べて増加したが、警報レベルを超えた保健所地域は存在していない。
　第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型37件、AH3（A香港）型91件、B型47件が報告されている。