2007年第13週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、21.5（患者発生報告数102,402）と前週（定点当たり報告数32.5）より大幅に減少した。都道府県別では、青森県（40.5）、大分県（38.4）、長崎県（38.1）、山口県（37.1）、宮崎県（37.1）、新潟県（35.6）の順となっているが、高知県を除く全ての都道府県で定点当たり報告数の減少がみられており、流行のピークは過ぎ去りつつあるものと思われる。警報レベルを超えている保健所地域は329箇所（高知県を除く46都道府県）と減少し、注意報レベルのみを超えている保健所地域も159箇所（42都道府県）と減少している。
全国の衛生研究所から報告されたインフルエンザウイルス分離報告（総報告数2738）では、AH1亜型（Aソ連型）7.9%（報告数216）、AH3亜型（A香港型）52.3%（報告数1432）、B型39.8%（報告数1090）となっている。AH3亜型の分離報告が最多であり、次いでB型の順である。