インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2006年第43週以降増加が続いており、第49週の報告数は0.15（患者発生報告数657）となった。管内が注意報レベルを超えた保健所地域は前週と同様宮崎県に1箇所認められているが、まだ警報レベルを超えた保健所地域は存在していない。
都道府県別の定点当たり報告数は、宮崎県（3.27）、大分県（0.86）、岐阜県（0.72）、広島県（0.72）、沖縄県（0.64）が多い。第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はA/H1（Aソ連）型13例、A/H3（A香港）型2例、B型18例が報告されている。