感染症発生動向調査によれば、全国レベルでの定点当たり報告数は第24週は0.82とほぼ横ばいであった。都道府県別では沖縄県（25.0）、岩手県（2.7）、青森県（2.6）、秋田県（2.4）、北海道（2.0）の順となっている。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は2箇所（鹿児島県1、沖縄県1）であり、警報レベルを超えている保健所地域は3箇所（北海道1、沖縄県2）である。特に沖縄県本島地域のインフルエンザの患者発生報告数は4週連続で大きく増加している。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型1,305件（25.6%）、AH3（A香港）型3,388件（66.4%）、B型408件（8.0%）の計5,101件が報告されている。第16週以降は、B型の検出の割合が高い。