感染症発生動向調査によれば、全国レベルでの定点当たり報告数は第22週は0.99とほぼ横ばいであった。都道府県別では、沖縄県（12.6）、北海道（4.0）、岩手県（3.7）、秋田県（3.0）、長崎県（2.4）、熊本県（2.4）、青森県（2.0）の順となっている。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は6箇所（北海道2、岩手県1、鹿児島県1、沖縄県2）であり、警報レベルを超えている保健所地域1箇所（北海道1）である。特に沖縄県本島地域では、インフルエンザの患者発生報告数は2週連続で大きく増加している。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型1,318件（26.1%）、AH3（A香港）型3,399件（67.4%）、B型328件（6.5%）の計5,408件が報告されている。第16週以降は、B型の検出の割合が高いが、沖縄県からはAH1型ウイルスの分離報告もみられている。