感染症発生動向調査によれば、全国レベルでの定点当たり報告数は第4週をピークとして以降は減少が続いており、第14週は0.68と1.0を下回った。これで2005年第50週より継続していた全国規模でのインフルエンザの流行はほぼ終息の段階に達したと思われる。都道府県別では高知県（3.1）、新潟県（2.9）、青森県（2.7）、秋田県（2.6）、愛媛県（2.6）の順である。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は1箇所（1県）と減少し、警報レベルを超えている保健所地域はない。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型1,032件（23.5%）、AH3（A香港）型3,233件（73.7%）、B型120件（2.7%）の計4,385件が報告されている。