感染症発生動向調査によれば、全国レベルでの定点当たり報告数は第4週をピークとして以降は減少が続いており、第11週は1.48であった。都道府県別では高知県（6.5）、北海道（5.8）、新潟県（5.6）、愛媛県（4.8）の順である。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は10（6道県）と減少し、警報レベルを超えている保健所地域はゼロとなった。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型945件（22.5%）、AH3（A香港）型3,167件（75.5%）、B型85件（2.0%）の計4,197件が報告されている。