感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は5.52と第4週をピークとして以降は減少が続いている。都道府県別では高知県（41.8）、長野県（14.6）、新潟県（13.3）、北海道（12.8）の順となっている。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は30（15都道県）とやや増加がみられている地域があるものの、警報レベルを超えている保健所地域は51（15道府県）と減少が続いている。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型748件（20.7%）、AH3（A香港）型2,802件（77.5%）、B型66件（1.8%）の計3,616件が報告されている。