感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は2005年第45週以降継続的に増加がみられていたが、2006年第5週は30.1となり前週よりも減少した。都道府県別では愛知県（53.9）、福井県（49.8）、埼玉県（45.1）、愛媛県（44.7）、三重県（41.6）、富山県（40.7）、静岡県（40.0）が多い。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は206（41都道府県）と減少したが、警報レベルを超えている保健所地域は逆に313（ 山形県、山梨県、高知県を除く44都道府県）と増加している。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型223件（15.1%）、AH3（A香港）型1238件（83.7%）、B型18件（1.2%）の計1479件報告されている。