2006年第3週は感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は26.2となり、インフルエンザの報告数は前週よりも大幅に増加した。都道府県別では宮崎県（61.7）、佐賀県（54.2）、福岡県（49.9）、鳥取県（44.7）、鹿児島県（43.6）、静岡県（42.7）、兵庫県（39.4）、山口県（39.2）が多い。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は315（宮崎県を除く46都道府県）と更に増加し、警報レベルを超えている保健所地域は169（36都府県）となった。東日本にも警報レベルを超えている地域が広がりつつある。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型109件（16.3%）、AH3（A香港）型555件（83.2%）、B型3件（0.4）の計667報告されている。