2006年第2週は感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は13.9となり、インフルエンザの報告数はほぼ2倍に増加した。都道府県別では宮崎県（53.4）、福岡県（35.4）、佐賀県（31.0）、鹿児島県（30.7）、岡山県（26.9）、香川県（24.8）、山口県（23.7）が多く、全て西日本に位置している。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は231（山形県、新潟県、富山県、石川県を除く43都道府県）と全国的に大きく増加し、警報レベルを超えている保健所地域は58（静岡県以西の15府県）となった。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型76件（17.4%）、AH3（A香港）型357件（81.9%）、B型3件（0.7%）の計436件が報告されている。