2006年第1週は感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は6.8となり、インフルエンザの報告数は更に増加した。都道府県別では宮崎県（26.9）、岡山県（24.9）、福岡県（21.1）、香川県（19.6）、鹿児島県（14.7）、佐賀県（12.5）、山口県（11.9）が多い。注意報レベルのみを超えている保健所地域は105（29都道府県）存在し、警報レベルを超えている保健所地域は13（5府県）存在しているが、それらの多くは西日本である。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型65件（19.0%）、A3（A香港）型276件（80.5%）、B型2件（0.6%）の計343件が報告されている。